法律咨询解答
根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条规定：企业发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。
违约金计算的依据应该是订立运输合同的双方在合同中明确签订违约的条款，合理的凭据具体包括：运输合同、支付违约金的有关协议、支付违约金的银行结算凭证。
据此规定，在经营活动中发生的、按经济合同规定支付的违约金，属于与取得收入有关的支出，可以在税前扣除。
相关法律规定
《中华人民共和国企业所得税法》第八条
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