不会有案底的。案底是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，又称为'前科'。个人的刑事犯罪记录，存于当地或上至国家级的档案中，是自然人的历史另类表现。不予起诉是不够判刑标准，可刑事责任不成立，如不转治安处罚则撤销无案底。我国主张的是疑罪从无，没有法院判决就不会有犯罪记录的，检察院不起诉的案子一般都是可以不追究刑事责任或者证据不足的案子，所以不会有案底的。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第十六条，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
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