公司劳动合同主体变更是否可以申请赔偿，法律没有明确的规定，需要结合实际的情况分析。
劳动合同的变更是指劳动合同依法订立后，在合同尚未履行或者尚未履行完毕之前，经用人单位和劳动者双方当事人协商同意，对劳动合同内容作部分修改、补充或者删减的法律行为。劳动合同主体的变更即用人单位或劳动者的更换。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
法律知识延伸阅读
事业单位员工是否适用劳动合同法，要看具体情况：1、具有管理公共事务职能的组织，如证券监督管理委员会、保险监督管理委员会、银行业监督管理委员会等，其录用工作人员是参照公务
事业单位是劳动合同制，要看具体情况：具有管理公共事务职能的组织，如证券监督管理委员会、保险监督管理委员会、银行业监督管理委员会等，其录用工作人员是参照公务员法进行管理。
公司把劳动合同丢了可以采取的措施是：如果单位将劳动合同丢失，可以借用员工的劳动合同进行复印，然后加盖印章，标注复印来源即可。如果用人单位不给复印，可以到当地劳动部门复印