男方如果在有限责任公司有出资，女方不是该公司股东，那么如果男女双方离婚，法官一般会分两种情况处理：
一种双方协商，将出资额部分或者全部转让给该股东的配偶。如果其他股东过半数同意，并且其他股东明确表示放弃优先购买权的，配偶可以成为该公司的股东；如果其他股东过半数不同意转让，并且愿意以同等条件购买该出资额，人民法院可以就转让后所得财产进行分割；如果其他股东过半数不同意转让，并且不愿意以同等条件购买该出资额，那么视为同意转让，股东的配偶可以成为该公司股东。
第二种，是男方将该出资额转让给他人，然后就转让后所得的财产进行分割。
【引用法条】
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释(一)》第七十二条：“夫妻双方分割共同财产中的股票、债券、投资基金份额等有价证券以及未上市股份有限公司股份时，协商不成或者按市价分配有困难的，人民法院可以根据数量按比例分配。”
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释(一)》第七十三条：“人民法院审理离婚案件，涉及分割夫妻共同财产中以一方名义在有限责任公司的出资额，另一方不是该公司股东的，按以下情形分别处理：
（一）夫妻双方协商一致将出资额部分或者全部转让给该股东的配偶，其他股东过半数同意，并且其他股东均明确表示放弃优先购买权的，该股东的配偶可以成为该公司股东；
（二）夫妻双方就出资额转让份额和转让价格等事项协商一致后，其他股东半数以上不同意转让，但愿意以同等条件购买该出资额的，人民法院可以对转让出资所得财产进行分割。其他股东半数以上不同意转让，也不愿意以同等条件购买该出资额的，视为其同意转让，该股东的配偶可以成为该公司股东。
用于证明前款规定的股东同意的证据，可以是股东会议材料，也可以是当事人通过其他合法途径取得的股东的书面声明材料。”