医疗纠纷处理程序如下：
1、医疗机构按照规定报告医疗事故；
2、对需要进行医疗事故技术鉴定的医疗纠纷组织进行鉴定；
3、经鉴定属于医疗事故的，医疗机构承担相应的民事赔偿责任。患者可和医疗机构协商，协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
【法律依据】
《医疗事故处理条例》第十四条，发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地卫生行政部门报告。
《医疗事故处理条例》第四十六条，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
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