从本地税务机关的官网上面下载软件《自然人税收管理系统扣缴客户端》；
在电脑上进行安装。
进行扣缴单位基本信息录入。按照提示录入企业代码、已实名认证人员（申报操作人员）信息、设置登录密码，然后登录软件。
进行“人员信息采集”，完成对本单位员工个人基本信息的录入。
可以逐个录入信息，也可以下载导入模板，在模板中填写然后批量导入软件中。
在进行收入和扣缴税款数据录入。一般日常操作通过《扣缴所得税报告表》进行，可以逐个员工录入，也可以批量导入。
申报数据录入、保存以后，就可以点击“申报表报送”，选择需要报送的申报表，点击“发送申报”，然后点击“下一步，税款缴纳”，按提示完成操作就可以了。
【法律依据】
《个人所得税法》第九条，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。 纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。
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