可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
【法律依据】
《民法典》第八百零三条，发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权请求赔偿停工、窝工等损失。
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