非法同居期间生的孩子由谁抚养，可以由孩子的父母双方自行协商，协商好后不直接抚养孩子的一方需要支付孩子的抚养费。
如果双方不能协商出结果的，则可以向法院提起诉讼，由法院来判决谁来抚养孩子。法院会综合考虑双方的抚养条件，按照有利于孩子健康成长的原则判决孩子抚养权；也就是说谁扶养孩子更有利于孩子健康成长，抚养权就判给谁。
【法律依据】
《民法典》第一千零七十一条，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。
不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。
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